Après des études de journalisme à la faculté d’Alger, Mounia Meddour obtient une maîtrise en information et communication à Paris 8. En 2000 elle se forme au cinéma à La Fémis et à la production 2019 au Centre Européen de Formation à la Production de Films. Elle réalise plusieurs documentaires : Tikdja, La caravane des sciences, Particules élémentaires, La cuisine en héritage.
Son documentaire Cinéma algérien un nouveau souffle s’intéresse aux jeunes réalisateurs de sa génération qui ont vécu la « décennie noire ».
Son court métrage Edwige a été sélectionné dans de nombreux festivals internationaux et a remporté de nombreux prix.
Son premier long métrage Papicha réalisé en 2019 obtient le prix Sopadin du meilleur scénario, est ensuite sélectionné à Un Certain Regard et représentera l’Algérie aux Oscar dans la catégorie Meilleur film en langue étrangère. Papicha remporte le César du meilleur premier film ainsi que le César de l’Espoir féminin attribué à Lyna Khoudri.
Mounia Meddour a été membre du comité de lecture du CNC de 2020 à 2021 et fait actuellement partie du comité de l’Avance sur recettes. Elle s’est vue remettre la médaille de Chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres par Roselyne Bachelot, Ministre de la Culture.
En 2023, elle réalise son second long métrage, Houria.